发起人协议是指公司设立过程中股东之间签订的协议，明确各自在设立过程中的权利和义务，有些也会对公司成立后利益安排作出约定。发起人协议在性质上属于股东间意思自治合同，受法律干预较小。

公司章程是由股东制定的，规定股东出资额、经营范围、经营管理制度等重大事项的文件。公司章程作为公司的宪章，对股东、董监高都有约束力，条款内容受到公司法的严密监管。

公司办理设立登记时必须提供公司章程，对发起人协议则不作要求，因此实践中存在不制定发起人协议的情况，但某些情况下，可以充分利用其受法律干预较少的特点：

（一）记载不适宜载入公司章程的内容。（1）以变通方式出资，即以公司法不允许直接出资的资源出资；（2）以特定的非货币资产出资涉及的特殊承诺保证义务和违约责任；（3）关键员工的全职工作、股权激励等特殊条款。

（二）在大型项目中，作为规范项目整体安排的基础性文件。在这种情况下，公司设立阶段会发生很多筹备事项，产生各种费用，而且公司是否成立也带有不确定性，投资人有必要对各种事项进行明确约定，减小法律风险和避免争议。

公司成立后，发起人协议效力问题存在一些争议，但一般认为：（1）发起人协议与公司章程直接内容冲突时，以章程为准；（2）发起人协议有约定、公司章程未规定的，则协议该部分对股东继续有效；（3）对于后来的增资股东，除非其明确表示接受发起人协议的约束，否则，协议对其没有约束力。公司章程则不同，任何加入到公司的主体，都受到章程的约束。